劇情簡介：
灰原哀、雪莉、宮野志保——另一人的三種面貌身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。
那就是讓工藤新一變小的藥！
但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。
服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。
雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。
糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕境的「漆黑的神秘列車」。
在與苦艾酒以及波本直接對決中敗陣的灰原，按照組織所計劃的，被捲入貨車廂的爆炸中，被認為已喪命的她卻……以電視動畫漆黑的神秘列車為主軸，將灰原哀過去的故事，以全新畫面重新編輯而成的特別編輯版登場！